Jego życie nie było usłane różami. Żył w nędzy, uważany za upośledzonego psychicznie ze względu na swoją wadę słuchu i wymowy. Malował na skrawkach papieru, drukach urzędowych. Używał do tego akwareli, a pod koniec swego życia również kredek.

Jego twórczość została doceniona i dostrzeżona w latach 50-tych XX w. dzięki ogromnej pracy Elżbiety i Andrzeja Banachów. To oni organizowali wystawy prac Nikifora i zajmowali się publikacją prac na jego temat. W 1959 r. w Paryżu wystawiono dzieła znanego już wówczas światu malarza. Nikifor miał wtedy 64 lata. Sława w żaden sposób nie zmieniła dotychczasowego życia artysty. Nadal mieszkał i pracował w Krynicy.

Muzeum zostało otwarte w 1995 r. w zabytkowej XIX-wiecznej willi „Romanówka”. Prezentowanych jest w nim 77 prac artysty i jego warsztat pracy, czyli skrzynia z pędzlami i pieczątki, które służyły mu do oznaczania swoich obrazów. Prace przedstawiają portrety, obiekty sakralne, pejzaże ze stacjami kolejowymi. Ponadto są tu pamiątki po artyście, jego zdjęcia, publikacje na jego temat.

Wzrost zainteresowania Nikiforem wywołał film „Mój Nikifor” Krzysztofa Krauzego z genialną tytułową rolą Krystyny Feldman.