Jezioro Kisajno jest częścią dużego akwenu Mamry. Jest najbardziej wysuniętym na południe zbiornikiem tego kompleksu. Ma długość ok. 8,5 km, a jego szerokość dochodzi do 3 km. 

Od południa jezioro zamykają wyspy. Jest ich aż 14. Każda z nich stanowi rezerwat przyrody. Do wysp nie można przybijać, ani wpływać między nie motorówką. Lęgowiska mają tu czaple siwe, kormorany i łabędzie. Wyspy są nie lada wyzwaniem dla żeglarzy ponieważ przedostanie się przez nie na południową stronę jeziora, może sprawić pewne trudności. 

Najpopularniejszym szlakiem prowadzącym między wyspami jest niewielki przesmyk między Dużym i Małym Ostrowem zwany “Łabędzim Szlakiem”. Nazwano go tak ze względu na rozmaite ptactwo, które można obserwować żeglując pomiędzy lesistymi wyspami jeziora Kisajno. Jedyną miejscowością położoną nad jeziorem jest Giżycko.