Kościół wraz z klasztorem pw. Stygmatów św. Franciszkana z Asyżu został wybudowany w 1616 r. Ufundował go kasztelan wojnicki, Krzysztof Koryciński. Nazwa Alwernia jest nawiązaniem do góry La Verna w Toskanii i znajdującego się na niej sanktuarium, które upamiętnia łaskę otrzymania stygmatów przez św. Franciszka. 

Drewniany kościół i klasztor zostały zniszczone w połowie XVII w. Nowy stanął w tym miejscu w 1676 r. We wnętrzu znajdują się rokokowe ołtarze z z XVII i XVIII-wiecznymi ołtarzami. Na ołtarzu głównym znajduje się krucyfiks z 1624 r., a w bocznym otoczony kultem obraz Matki Bożej, zwanej Alwernijską.W kościele znajduje się także przywieziony w 1686 r. przez ks. Jana Michlajskiego z Koszyc na Słowacji  obraz Pana Jezusa „Ecce Homo” („Oto człowiek”). Obraz pochodzący podobno z Konstantynopola uważano niegdyś za cudowny.